《本草纲目》编写后，李时珍希望早日出版，为了解决《本草纲目》的出版问题，70多岁的李时珍，从武昌跑到当时出版业中心南京，希望通过私商来解决。由于长年的辛苦劳累，李时珍终于病例在床，病中嘱咐他的孩子们，将来把《本草纲目》献给朝廷，借助朝廷的力量传布于世。可惜李时珍还没有见到《本草纲目》的出版，就与世长辞了。这年，他刚满76岁。
不久，明皇帝朱诩钧，为了充实国家书库，下令全国各地向朝廷献书，李时珍的儿子李建元，将《本草纲目》献给朝廷。朝廷批了“书留览礼部知道”七个字，就把《本草纲目》搁置一边。后来仍在南京的私人刻书家胡承龙的刻印下，在李时珍死后的第3年，《本草纲目》出版了。公元1603年，《本草纲目》又在江西翻刻。从此，在国内得到广泛的传播。据不完全统计，《本草纲目》在国内至今有三十多种刻本。
公元1606年《本草纲目》首先传入日本，1647年波兰人弥格来中国，将《本草纲目》译成拉丁文流传欧洲，后来又先后译成日朝法德英俄等文字。
李时珍对人类的贡献是伟大的，因此深受后世人的尊敬，为了纪念这位伟大的医药学家，《明史》《白茅堂集》都为他写下了传记。清光绪年间在李时珍墓地立碑纪念。解放后，李时珍基地，又得到再次修整。 1956年科学家郭沫若以题词作纪念，写道“医中之圣，集中国药学之大成，本草纲目乃1892种药物说明，广罗博采，曾费三十年之殚精。造福生民，使多少人延年活命!伟哉夫子，将随民族生命永生。”
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